李剑峰

联系方式

Email:lee_jianfeng@sjtu.edu.cn;主页:http://www.life2cloud.com;现正攻读上海交通大学博士研究生。

研究兴趣

基因组学、生物信息学、数据可视化、数据挖掘

教育背景

  • 2018.09 ~ 上海交通大学,生物信息学
  • 2015.09 ~ 2018.07 上海交通大学医学院,理学硕士
  • 2011.09 ~ 2015.07 哈尔滨工业大学,工学学士

计算机水平

擅长基因组学相关数据分析(DNA-seq和RNA-seq为主)

  • 编程语言:R,HTML、CSS、JavaScript、PHP,数据库语言 SQL,脚本工具 Awk 以及 Bash 脚本、Python
  • 应用程序:Adobe Photoshop/Illustrator/Premiere/After Effects/Dreamweaver; Office [本科任学院宣传部部长,研究生一年级任研究生会宣传部部长];新媒体;
  • 操作系统:日常使用 Windows、Centos、Ubuntu

软件包

R 包

作为主要作者:

  • configr:整合多个配置文件解析器(jsonlite, ini, yaml, RcppTOML),并对其进行一些语法扩展
  • BioInstaller:一种生物软件包及常用数据库/文件的下载器(部分内置安装脚本)
  • ngstk:用于二代测序数据的质量控制、可视化、数据格式转换的工具包
  • annovarR:用于基因组和转录组变异数据的注释库整合

Python包

  • iseq:一种基于二代测序数据的基因变异分析工具

网页服务

  • JhuangLab:PHP+Bootstrap构建的实验室主页
  • life2cloud:基于blogdown构建的个人博客
  • qap:Django +Bootstrap构建的病毒准种分析软件项目的主页
  • wQAP:一种基于Galaxy平台的病毒准种分析工具(搭建相关分析平台并运维相关服务)

出版物

英文

期刊

  • #Liu YF, #Wang BY, #Zhang WN, #Huang JY, #Li BS, Zhang M, Jiang L, Li JF, Wang MJ, Dai YJ, Zhang ZG, Wang Q, Kong J, Chen B, Zhu YM, Weng XQ, Shen ZX, Li JM, Wang J, Yan XJ, Li Y, Liang YM, Liu L, Chen XQ, Zhang WG, Yan JS, Hu JD, Shen SH, Chen J, Gu LJ, Pei D, Li Y, Wu G, Zhou X, Ren RB, Cheng C, Yang JJ, Wang KK, Wang SY, Zhang J, Mi JQ, Pui CH, Tang JY, Chen Z, Chen SJ. Genomic Profiling of Adult and Pediatric B-cell Acute Lymphoblastic Leukemia. EBioMedicine. 2016 Jun;8:173-83. doi: 10.1016/j.ebiom.2016.04.038. Epub 2016 May 13. PubMed PMID: 27428428; PubMed Central PMCID: PMC4919728.
  • #Bing Chen, #Lu Jiang, #Meng-Ling Zhong, #Jian-Feng Li, #Ben-Shang Li, Li-Jun Peng, Yu-Ting Dai, Bo-Wen Cui, Tian-Qi Yan, Wei-Na Zhang, Xiang-Qin Weng, Yin-Yin Xie, Jing Lu, Rui-Bao Ren, Su-Ning Chen, Jian-Da Hu, De-Pei Wu, Zhu Chen, Jing-Yan Tang, Jin-Yan Huang, Jian-Qing Mi, and Sai-Juan Chen. Identification of fusion genes and characterization of transcriptome features in T-cell acute lymphoblastic leukemia. Proceedings of the National Academy of Sciences. 2017. doi:10.1073/pnas.1717125115. PubMed PMID: 29279377.
  • #Jianfeng Li, #Bowen Cui, Yuting Dai, Ling Bai, Jinyan Huang. BioInstaller: a comprehensive R package to construct interactive and reproducible biological data analysis applications based on the R platform. Peerj. 2018 Oct;6:e5853. doi: 10.7717/peerj.5853
  • #Jian-Feng Li, #Yu-Ting Dai, #Henrik Lilljebjörn, Shu-Hong Shen, Bo-Wen Cui, Ling Bai, Yuan-Fang Liu, Mao-Xiang Qian, Yasuo Kubota, Hitoshi Kiyoi, Itaru Matsumura, Yasushi Miyazaki, Linda Olsson, Ah Moy Tan, Hany Ariffin, Jing Chen, Junko Takita, Takahiko Yasuda, Hiroyuki Mano, Bertil Johansson, Jun J. Yang, Allen Eng-Juh Yeoh, Fumihiko Hayakawa, Zhu Chen, Ching-Hon Pui, Thoas Fioretos, Sai-Juan Chen, Jin-Yan Huang. 2018 (In press)
  • QAP: an integrated software for virus community sequencing data analysis. (Co-first 3rd, Submitted, 2018)
  • annovarR: a variant annotation and visualization system based on R and Shiny framework (Co-first 1st, Preparing, 2018)

中文

期刊

  • 李剑峰,严天奇,崔博文,孔杰,王舒,陈冰,黄金艳 . 基于基因 Panel 测序数据的分析方法[J]. 上海交通大学学报(医学版), 2017, 37(11): 1575-
  • 严天奇,陈立伟,朱勇梅,李剑峰,代雨婷,崔舒雅,姜璐,陈冰,黄金艳. 急性淋巴细胞白血病基因融合与突变知识库的构建[J]. 上海交通大学学报(医学版), 2018, 38(9): 1027-.

会议论文

  • 张伟娜,李剑峰 等,成人和儿童急性B淋巴细胞白血病的表观调节基因突变分析,第十六届全国实验血液学学术会议,2017,大会报告
  • 李剑峰,黄金艳,基于急性淋巴细胞细胞白血病RNA-seq的肿瘤基因突变检测方法,第十六届全国实验血液学学术会议,2017,壁报展示
  • 李剑峰,黄金艳,基因变异数据注释R包annovarR,第十六届全国实验血液学学术会议,2017,壁报展示