日常用到的软件和工具 (文本编辑器)

引言

这一新系列博文主要是想总结并记录一下我日常学习、工作、生活中用到的一些计算机软件或工具，同时系列内容的的每个部分会定期更新，希望这可以给你带来一些帮助。

字体与样式

字体和文本样式对文本编辑器非常重要的，下面的几种字体（编程用）是我比较推荐的，写文字和代码一定要选择一个适合你的字体和配色，这会极大的提高你的用户体验：

配色主题强推：molokai

molokai

文本编辑器

Vim

VIM是生物信息从业人员必须学会的工具，没有之一，推荐理由我就不多说了，附上我的~/.vimrc。

Vim 的环境配置

# INSTALL Vundle, VIM的包管理器
git clone https://github.com/VundleVim/Vundle.vim.git ~/.vim/bundle/Vundle.vim

# 使用 Molokai 配色(前提)
mkdir -p ~/.vim/colors
cd ~/.vim/colors
wget https://raw.githubusercontent.com/tomasr/molokai/master/colors/molokai.vim

filetype plugin on
syntax on
let g:pydiction_location = '~/.vim/tools/pydiction/complete-dict'
set tabstop=4
set softtabstop=4
set shiftwidth=4
set expandtab
set autoindent
set autoread
set number
set mouse=a
let g:molokai_original = 1

let g:SuperTabDefaultCompletionType="context"
runtime bundle/vim-pathogen/autoload/pathogen.vim
execute pathogen#infect()
set statusline+=%#warningmsg#
set statusline+=%{SyntasticStatuslineFlag()}
set statusline+=%*

let g:syntastic_always_populate_loc_list = 1
let g:syntastic_auto_loc_list = 1
let g:syntastic_check_on_open = 1
let g:syntastic_check_on_wq = 0
let g:vim_markdown_frontmatter=1
set selection=exclusive
set selectmode=mouse,key
set cursorline
set ruler

set rtp+=~/.vim/bundle/vundle/
set nocompatible
call vundle#rc()
Bundle 'gmarik/vundle'
Bundle 'tpope/vim-fugitive'
Bundle 'Lokaltog/vim-easymotion'
Bundle 'rstacruz/sparkup', {'rtp': 'vim/'}
Bundle 'tpope/vim-rails.git'
Bundle 'L9'
Bundle 'FuzzyFinder'
Bundle 'Valloric/YouCompleteMe'
Bundle 'davidhalter/jedi-vim'
Bundle 'scrooloose/syntastic'
Bundle 'scrooloose/nerdtree'
Bundle 'majutsushi/tagbar'
Bundle 'jistr/vim-nerdtree-tabs'
Bundle 'tpope/vim-pathogen'
Bundle 'cespare/vim-toml'
filetype plugin indent on



nmap <F8> :TagbarToggle<CR>
autocmd StdinReadPre * let s:std_in=1
autocmd VimEnter * if argc() == 0 && !exists("s:std_in") | NERDTree | endif
let g:nerdtree_tabs_open_on_console_startup=0
map <silent> <F2> :NERDTreeToggle<cr>

let g:syntastic_ignore_files=[".*\.py$"]
let NERDTreeShowHidden=1

colorscheme molokai
highlight Comment ctermfg=6 guifg=6

map <C-n> :NERDTree<CR>
map <C-o><C-p> :set mouse-=a<CR>
map <C-o><C-m> :set mouse=a<CR>
let g:miniBufExplMaxSize = 2

let Tlist_Show_One_File=1
let Tlist_Exit_OnlyWindow=1
let Tlist_Use_Right_Window=1
let Tlist_Sort_Type="name"

set completeopt=longest,menu
let OmniCpp_NamespaceSearch = 2
let OmniCpp_ShowPrototypeInAbbr = 1
let OmniCpp_MayCompleteScope = 1
let OmniCpp_DefaultNamespaces = ["std", "_GLIBCXX_STD"]"]"

Atom

ATOM

Atom 是由Github团队开发的现代文本编辑器，它是基于CoffeeScript + Node.js, 运行在Electron上的跨平台桌面应用，最开始用它，是看它方便的支持插件安装、跨平台、美观、社区活跃、支持Markdown、Git管理、支持自定义CSS修改样式等等。

计算机配置比较好的时候，推荐使用，附带我装的社区支持插件：

atom-beautify
atom-bootstrap3
atom-html-preview
atom-minify
atom-ternjs
autoclose-html
autocomplete-R
autocomplete-paths
busy-signal
codelf
color-picker
docblockr
emmet
ever-notedown
ex-mode
file-icons
gist-it
git-plus
hyperclick
intentions
javascript-snippets
js-hyperclick
language-markdown
language-r
linter
linter-eslint
linter-markdown
linter-ui-default
markdown-pdf
markdown-preview-plus
markdown-scroll-sync
markdown-writer
minimap
php-hyperclick
pigments
project-manager
r-exec
relative-numbers
sync-settings
tidy-markdown

Visual Studio Code

Visual Studio Code 是微软公司开发的一个开源IDE（伪装成编辑器），性能较Atom有所提升，是目前最受欢迎的文本编辑器之一。

image https://vip.biotrainee.com/assets/images/1-EqVgaBGCuXDw11ei.png

RStudio

RStudio 是一个R语言的IDE，确实比较方便，默认就支持molokai主题，安装之后记得调整字体、字体大小以及配色。

Eclipse

Eclipse 是一个功能强大的综合IDE，最开始它主要是针对JAVA及其应用开发者，也支持Python、R、PHP等。

PyCharm

PyCharm 是一个功能非常强大的Python IDE，如果你的电脑配置比较好的时候（比如有SSD），非常推荐使用。

Microsoft Word

Word

用它主要是因为学术论文写作、各种文字材料的填写，另外它还有几个优势：

审阅模式
支持Endnote
用户使用门槛低（用户数量多）

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